Rijkswaterstaat heeft door het plannen en uitvoeren van de werkzaamheden aan de Muiderbrug - bijvoorbeeld 's nachts en in de weekeinden - de verkeershinder zoveel mogelijk beperkt. Daarnaast heeft Rijkswaterstaat in samenwerking met Verkeer.advies, Connexxion, GVB, Arriva en NS de weggebruikers verschillende reisalternatieven aangeboden om de overige verkeershinder te beperken. Naast een uitgebreide communicatiecampagne werd een pakket maatregelen aan de weggebruikers aangeboden dat bestond uit de Zuidoost en de Zuidas Bereikbaarheidspas, een Persoonlijk Reisadvies, de shuttlebus en de Bus op de Vluchtstrook. Met de Zuidoostpas en Zuidaspas konden medewerkers van bedrijven in het gebied Amsterdam Zuidoost en de Zuidas gebruik maken van trein, tram, bus en metro om files te vermijden gedurende de periode van werkzaamheden aan de Muiderbrug. Daarnaast werd weggebruikers de mogelijkheid tot E-werken in het Smart Work Center in Almere aangeboden, de Vanpool en de VanAnaarBeter-kaartjes in bus en trein tijdens bepaalde weekeinden.
Uit de verkeerskundige analyse van Rijkswaterstaat blijkt dat de weggebruikers op werkdagen geen extra filehinder op de A1 hebben ondervonden ten opzichte van een vergelijkbare periode zonder werkzaamheden. De gemiddelde reistijd is ook niet toegenomen.
Circa 10.000 van de totaal 15.000 pashouders hebben via hun werkgever gebruik gemaakt van de Zuidoostpas of Zuidaspas. Waarvan 9.000 gemiddeld 3 dagen per week. Hiermee waren de passen het meest gebruikte reisalternatief van de genoemde maatregelen om de verkeershinder te beperken. De belangrijkste redenen voor gebruik van de Zuidoostpas of Zuidaspas waren dat deze het reizen goedkoper of zelfs gratis maakten en de verwachting dat het openbaar vervoer tijdens de werkzaamheden sneller zou zijn dan de auto. Van februari tot en met oktober 2009 hebben dagelijks gemiddeld 750 weggebruikers met Zuidoost- of Zuidaspas geen gebruik gemaakt van de Muiderbrug (A1), terwijl ze dat voor de werkzaamheden wel deden. Dit kwam overeen met 1.500 autoritten per dag minder over de Muiderbrug (A1). Gedurende drie weekeinden van werkzaamheden zijn VanAnaarBeter-kaartjes voor bus en trein ingezet. Dit leidde tot een gebruik van ruim 1.800 kaartjes.
2.550 pashouders verwachten vanwege hun ervaringen met de Zuidoost-/Zuidaspas vaker met het openbaar vervoer naar het werk te reizen. Ruim 750 pashouders hebben aangegeven ook na de periode van werkzaamheden aan de Muiderbrug gebruik te maken van het openbaar vervoer voor hun woon-werkverkeer.
